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谢谢理解是指对方因为某件事情而不得不这样做，但对方没有责怪，反而给出认同的说法的意思。比如说，家人生病不得不向单位请假，单位领导批准了，这时候说这句话就是暗示单位领导为人善良、富有同性情。
但是这句话也不是只有一种含义的，比如说去面试遭到对方的拒绝，然后面试官跟这个人说“谢谢理解”，这句话的意思就是虽然表现得不错，但是还是不符合公司的要求，所以不能录用，希望对方能够理解。其实不同的场景是是不同的含义的，还是需要放在语境中仔细体会。