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汤姆他父母双亡，住在波莉阿姨家。内心桀骜不驯，行为顽皮，乖张的汤姆受不了阿姨和学校老师的管束，常常逃学，闯祸。
汤姆有很多好朋友，但和他臭味相投的是哈克，汤姆把当海盗的想法告诉了哈克，哈克说海盗都是大胆的人，他们约定半夜到墓地试胆。汤姆假睡骗过波莉阿姨，和哈克来到墓地，他们目睹了一起凶杀案，乔杀了一个医生，嫁祸给彼得，他们害怕极了，发誓绝不开口。他们跑到了一个小岛，这里成了三个小海盗的快乐大本营，他们无拘无束，觉得这里简直就是一片乐土。
镇上的人们找了他们好几天，怎么也找不着，星期日，镇民在教堂为他们三人开追悼会，人们悲伤时，三个孩子就走进教堂，来到亲人面前。镇上要开彼得杀人案了，他们为彼得作证，乔落荒而逃。
汤姆和哈克要去寻宝。他们到鬼屋翻找时，遇到了乔和一个陌生人，准备把金币藏起来。两个强盗把金币藏在2号十字架下，汤姆和哈克听得一清二楚。
在一次野餐活动，去神秘的山洞，洞内岔路横生，汤姆和贝琪在山中迷路。在洞中，汤姆意外遇到乔，他们终于找到出口，山洞出口被封死，汤姆说洞中还有乔。在山中的乔已经死了。汤姆和哈克再次来到洞中寻宝，在洞中挖出了乔藏的金币，他们带着金币返程，他们成为了镇上的英雄。