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孔乙己 分为两部分，第一部分（第1～3段），第二部分（第4～13段）。
小说第一部分，交代故事发生的时间、地点，介绍人物活动的社会环境和故事发生的地点。
第二部分又可分为三层：第一层（第4～9段）、第二层（第10～11段）、第三层（第12～13段）。第一层（第4～9段），写孔乙己的身份、地位、经历、言行、性格，是小说情节的开端和发展。第二层（第10～11段），描写孔乙己的不幸遭遇，是小说情节的高潮。第三层（第12～13段），交代孔乙己的悲惨结局，也是小说情节的结局。
《孔乙己》是鲁迅先生继《狂人日记》之后的第二篇白话小说，是讨伐封建制度和封建文化的战斗檄文。孔乙己是封建文化教育的殉葬品。