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藤野严九郎（Fujino Genkuro）（1874年7月11日-1945年8月11日），出生于日本福井县，毕业于爱知医学校（现名古屋大学）。日本的医生、教授。因和其学生鲁迅的交往而闻名。其家族世代为医，藤野严九郎是藤野家的第六代医生。
藤野在读小学时，跟酒井藩校教师野坂先生学过汉学。1892年4月，从福井学校中途退学，进入爱知医学校（现名古屋大学）。1896年10月毕业，并留校作解剖学教师奈良坂的助手。1897年5月，得到医生开业证明书，同年7月开始，在东京帝国大学（现东京大学）医学院学习解剖学一年。
1901年10月，藤野应聘到仙台医科专门校（现东北大学）任解剖学讲师，其时藤野刚刚满27岁。1911年，东北帝国大学（现东北大学）成立，1912年仙台医科专门校并入，成立为东北帝国大学医学部。
1915年决定成立东北帝国大学医科大学，藤野因学历不够，被迫于6月底提出“请求免职”，7月1日降为临时讲师，8月9日被解除讲师职务。1919年回故乡自立诊所。1945年8月11日（日本宣布投降的4天前）在福井逝世。