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《文化苦旅》全书主要包括四部分，分别为如梦起点、中国之旅、世界之旅、人生之旅。全书凭借山水风物来寻求文化灵魂和人生真谛，探索中国文化的历史命运和中国文人的人格。
《文化苦旅》由自序、后记和37篇文章组成，主要内容有：
通过一个个古老的物像，描述大漠荒荒，黄河文明的盛衰，历史的深邃苍凉。
以柔丽凄迷的小桥流水为背景，形神俱佳地表现了清新婉约的江南文化和世态人情。
通过文化人格、文化良知的描述和回忆，展示了中国文人艰难的心路历程以及文化的走向。
《文化苦旅》虽有一“旅”字，作家在自序中也表明是漂泊旅程的感悟心得，但却与常规的“游记”大相径庭：其重心并非见闻描述，也非一般意义的借景抒情，更少游记特有的“轻快笔调”，反而“一落笔却比过去写的任何文章都显得苍老”。这“苍老”是由于《文化苦旅》的起点和终点不止于地域和空间，而是穿越了千百年的历史，从身体的艰难跋涉到心灵的强烈冲击，作者不仅仅是用眼睛来欣赏景物，而且把对历史的深刻感悟融入其中：“每到一个地方，总有一种沉重的历史气压罩住我的全身，使我无端地感动，无端地喟叹⋯⋯我站在古人一定站过的那些方位上，用先辈差不多的黑眼珠打量着很少会有变化的自然景观，静听着与千百年前没有丝毫差异的风声鸟声，心想⋯⋯而中国文化的真实步履却落在这山重水复、莽莽苍苍的大地上。”在作者心中，山水仿佛都有了灵性，成了一个充满智慧的哲理老人，“大地默默无语，只要来一二个有悟性的文人一站立，它封存久远的文化内涵也就能哗的一声奔泻而出，文人本也萎靡柔弱，只要被这种奔泻所裹卷，倒也能吞吐千年。”在这个人日渐物化的时代，余秋雨却在广袤的大地上找到了，自然与人内在精神的和谐统一。