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将池塘水体表层的铁锈用干稻草绳拉向池塘一角后用三角抄网捞去，可减少池塘中该种藻类的数量，但此种方法清除效果不彻底，裸甲藻过度繁殖的环境条件未改变，之后又会大量繁殖。可在天晴时使用强氯精或者二氧化氯粉剂或者过硫酸氢钾粉剂在养殖水体下风处裸藻聚集的表层油膜处干撒或化水泼浇，将裸甲藻类杀灭。
晚上采取投放化学增氧剂，加开增氧机进行增氧操作，防止夜间缺氧。有于藻类有趋光性，集中在水体的中上层，杀藻药物的计算仅仅考虑面积即可。或者使用泵抽取池塘表层水，排除表层的裸藻。
由于池塘裸甲藻的形成主要是因为水体有机质多，水体富营养化，底质恶化形成的，所以在杀藻后，还要使用过硫酸氢钾等底质改良剂进行底质改良，然后解毒后使用超能EM菌种等产品进行水质净化。