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支付宝健康码和微信健康码区别在于建设系统不同。支付宝在国务院办公厅电子政务办指导下建立全国统一的疫情防控健康码系统。而微信主要是与国家信息中心联合推出“健康码”的标准，并非建立全国统一的健康码系统。但支付宝健康码和微信健康码都可以通用。目的都是保证自己健康。
健康码是以实际真实数据为基础，由市民或者返工返岗人员通过自行网上申报，经后台审核后，即可生成属于个人的二维码。该二维码作为个人在当地出入通行的一个电子凭证，实现一次申报，全市通用。健康码的推出，旨在让复工复产更加精准、科学、有序。