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手工母乳皂主要的危害是在母乳提供者患有肝炎、艾滋病等传染性疾病的情况下，乳汁也会携带相应的传染病毒。若是使用这种母乳皂，可能会有被传染的危险，存在一定潜在安全隐患。
使用母乳制作的手工皂里面的活性物质可能已经被大量破坏，里面含有的营养物质是非常少的。并且母乳中含有大量蛋白，若是给宝宝使用母乳皂，可能会引起过敏的反应，造成宝宝身体出现不适感。
手工母乳皂由于是母乳加工制成的，而母乳是人体体液的一种，本身和血液一样可以传染疾病，并且母乳很容易携带病菌，质量方面很难得到保证，存在一定不确定因素。