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可能含有有毒物质是木鱼石杯泡茶的主要害处之一，很多商家会采用其它材料来仿制木鱼石杯，这种杯子可能会掺杂有毒物质。
易碎
木鱼石杯的加工非常精细，一些劣质的木鱼石杯可能会因为粗糙的加工过程中而变得非常容易破裂，杯子破裂的同时也可能会对使用者造成伤害。
耗时较长
木鱼石杯需要坚持长期使用，它的作用才能充分发挥出来。因此想要发挥木鱼石杯的价值，可能需要耗费很长时间。