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网上缴纳农村合作医疗可以使用支付宝，打开支付宝进入首页后，点击“更多服务”中的“城市服务”，找到“社保”后点击进入，再点击界面中的“自然人缴纳社保费”，填写完相关信息后勾选“城乡居民基本医疗保险”，最后进行缴费即可。
微信
打开微信后，点击界面右下角的“我”，再依次点击“支付”、“生活缴费”，选择城市后依次点击“社保医保”、“医疗保险”，之后输入个人身份证号和姓名，按照提示操作就可以完成缴费。
医保所在地税务局官网
网上缴费还可以登录医保所在地税务局官网，点击进入“网上办税厅”，完成注册后点击“自助缴费”，之后点击查询应缴费金额，完成付款后，就可以完成农村合作医疗的缴纳。