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南京站占地面积36万平方米，总建筑面积42万平方米，站房总建筑面积11万平方米，站场规模为8台16线。
南京站站房改建工程是江苏省、南京市“十运会”重点工程之一，也是新世纪中国铁路建设中的一项重要工程，由铁道部、江苏省、南京市三方共同投资兴建。
南京站地处省会南京市中心，是展示江苏形象的重要窗口，连接着沪宁、京浦、宁启、宁芜铁路，是长江三角洲地区铁路的北大门，在路网中占有十分重要的位置。