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南京的另一个火车站叫中华门站，是位于市区南部的一个老火车站，在有高铁以前曾经叫“南站”，自从有高铁后正式称为“中华门站”。
南京的下关火车站即南京西站，是位于下关江边的火车站，曾经是南京的火车终点站，也是华东重要的铁路枢纽，现已停止客运，仅货运。
南京站位于南京市玄武区南京火车站站房和北广场地下。