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新鲜的鸡蛋是有生命的，它需要不停地通过蛋壳上的气孔进行呼吸，因此具有吸收异味的功能。因此存放鸡蛋时，应注意与其他食物隔离。
鸡蛋是一种很容易染上细菌的食物，特别是鸡蛋上有了污染物时感染几率会更大。例如较为常见的沙门杆菌，即使蛋壳上的膜保持完好，它们依然能够穿透蛋壳进入鸡蛋内部。
因此有些地区及国家会要求先将鸡蛋清洗干净，虽然打开了细菌进入鸡蛋的通道，但是可以先把蛋壳上的细菌尤其是沙门杆菌杀灭。