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孙思邈的著作有《千金要方》、《千金翼方》、《唐新本草》、《明堂针灸图》、《丹经内伏硫黄法》等，其中《千金要方》和《千金翼方》对后世影响巨大，是中国古代中医学经典著作。
《千金要方》是孙思邈在永徽三年完成的，这本书一共有30卷，是综合性临床医著，被称为中国最早的临床百科全书，对后世医家影响极大。
《千金翼方》是孙思邈晚年时期的著作，也是对《千金要方》的全面补充，这本书也是三十卷，内容涉及本草、妇人、伤寒、小儿、养性、补益等各个方面。