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太阳能热水器的安装要求非常严格，需要安装在屋顶上，容易损坏屋顶的防水层，若是安装不稳定，会存在安全隐患，且日常清洁、维护很麻烦。
太阳能热水器需要日照才能把水晒热，天气好的时候，也只有晚上才有热水，不能保证全天都有热水供应。若天气不好时，很难有热水使用。
太阳能热水器需要经常将热水放掉，再重新上冷水，避免水箱内长时间处于高温、高压的状态，导致密封圈的老化，压力太大使水箱胀坏，缩短水箱的寿命。