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娃娃鱼清洗一般是将娃娃鱼放入开水中烫15分钟以后再捞出，刮洗掉其表面的粘液，至表面干净无米粒状颗粒为止，再从肚剖开，除去内脏即可。
对个体较小的娃娃鱼可以用锤杀的方法，先将娃娃鱼头部用刀背锤几下，从鱼脖子部砍一刀放血(不要砍断)，接着用90℃热水浸烫，然后取出刮洗表皮粘液，再从肚剖开，除去内脏备用。
注意：我国规定娃娃鱼只有子二代可以进行食用和买卖，违法捕获、猎杀、贩卖、食用野生大鲵将受到法律制裁。